北京公司京牌靓号指标的申请流程主要包括以下几个步骤：

1. 企业资质审核：2024年的政策对申请拥有车牌指标的企业资质提出了更高要求，包括企业的纳税额度、经营年限、行业属性等，以确保车牌资源流向有需求且有责任能力的企业。

2. 车牌指标流转监管：新政策对公司户车牌指标的流转过程进行严格监管，从资格审查到交易合同规范，再到过户手续，都有明确的规定和流程，以保障交易的公平、公正、透明。

3. 合法合规交易：在公户车牌交易过程中，合法合规是最重要的前提，无论是买家还是卖家，都必须遵守国家和地方的相关法规，确保交易的合法性。

4. 注册与登录：新用户需要在北京市小客车指标调控管理信息系统进行注册，选择用户类型，填写单位信息并设置密码。已注册用户可以直接登录系统。

5. 填报申请：申请人在系统登录后进入用户中心，在配置指标功能区点击“填报申请”，按系统提示逐步操作，如实填报相关信息。

6. 审核结果查询：提交申请后，可以登录系统查看审核结果。审核通过的申请编码将进入摇号池并封存，参与指标配置。

7. 更新指标申请：单位在车辆办理完成转移、注销登记后，可以根据需要随时提交更新指标申请，不再设置12个月的申请时限。

8. 信息变更：如果单位名称发生变更，应先到车辆管理部门办理信息变更手续，再办理出售、报废手续。

9. 尽职调查：买家在进行公司户名下汽车指标转让前，应对目标公司进行全面的尽职调查，包括公司的基本情况、财务、税务、法律纠纷等，并核实公司名下汽车指标的真实性和有效性。

10. 签订合同与变更手续：尽职调查确认无误后，双方签订正式的转让合同，并办理工商、税务、银行等变更手续，以确保公司的所有权和资金流动的控制。

11. 指标更新：完成所有变更手续后，买家可以登录北京市小客车指标调控管理信息系统进行指标更新操作，提交相关证明材料以完成车辆过户。

请注意，以上信息可能会随着政策的更新而变化，办理前应通过官方渠道获取最新的政策信息。