如果公司违反了车牌租赁合同，可能会面临以下法律后果：

1. 合同无效：车牌租赁合同可能因为违反了《北京市小客车数量调控暂行规定》等地方性法规而被认定为无效。

2. 财产返还：如果合同被判定为无效，那么根据合同取得的财产应当返还。这意味着如果公司支付了租赁费用，可能需要将费用返还给出租方 。

3. 经济损失：如果公司在租赁期间对车辆进行了投资或改装，这些费用可能因为合同无效而无法得到补偿。

4. 车辆被扣押或拍卖：如果车牌所有人有债务纠纷，车辆可能被法院查封或拍卖，即使车辆实际由公司出资购买。

5. 指标作废：如果车牌租赁行为被查实，相关指标可能会被作废，且可能在一定期限内无法再次申请指标。

6. 责任归属问题：在租赁期间如果发生交通事故或其他违法行为，责任的界定会变得非常复杂，公司可能需要承担一定的责任 。

7. 保险理赔问题：租赁车牌的车辆在发生事故时可能无法获得保险公司的理赔，因为车辆登记在车牌所有人名下 。

8. 行政处罚：违反相关规定的车牌租赁行为可能会受到相关管理部门的处罚 。

为了避免这些风险，建议公司在考虑租赁车牌前仔细评估，并寻求专业法律意见。同时，应当通过合法途径获取车辆指标，如参与摇号、司法拍卖等，以确保合规并减少潜在的法律风险。