北京公司京牌指标的申请流程主要包括以下几个步骤：

1. 注册与登录：

   • 新用户需在北京市小客车指标调控管理信息系统注册账户，填写单位信息并设置密码。注册成功后，使用手机号和密码登录系统。
   • 2014年1月1日前已申请过的用户，系统会自动完成账户注册，直接使用手机号和密码登录。

2. 修改注册账户信息：

   • 已注册用户可以在系统登录后进入用户中心，修改基本信息、密码或手机号。
   • 也可以携带单位相关证件材料的原件和复印件到各区对外办公窗口办理。

3. 申请小客车配置指标：

   • 申请人可在每年1月1日至3月8日、8月1日至10月8日两个期间内填报小客车配置指标申请。
   • 在系统登录后进入用户中心，在配置指标功能区点击“填报20XX年申请”，按提示操作，如实填报相关信息。
   • 审核通过的申请编码于指标配置当月25日进入摇号池并封存，26日参加指标配置。

4. 取消申请：

   • 申请人可在上述两个申报期间内取消小客车配置指标申请。

5. 查询审核结果：

   • 1月1日至3月8日期间内提交的申请，可于当年的4月9日9:00起查询审核结果。
   • 8月1日至10月8日期间内提交的申请，可于当年的11月9日9:00起查询审核结果。

6. 审核未通过的复核申请：

   • 对审核结果有异议的，可在规定时间内提交复核申请，并在指定日期查看复核结果。

7. 打印《单位小客车配置指标确认通知书》：

   • 摇号中签或轮候取得配置指标的，系统自动发放确认通知书。申请人可以登录系统下载打印，或到各区对外办公窗口查询打印。

8. 更新指标申请：

   • 单位在车辆出售、报废后，可以根据需要随时提交更新指标申请，不再设置12个月的申请时限。
   • 提交更新指标申请后，审核通过的，可以下载打印《单位小客车更新指标确认通知书》。

以上流程根据北京市小客车指标调控管理信息系统的最新指南整理，具体操作可能随政策调整而变化，建议申请前再次确认最新的申请指南。